端粒長度檢測是一種相對簡單的檢測，不需要大量起始 DNA（約 50 ng）。通過測量端粒信號 ( T ) 與參考單拷貝基因信號 ( S )，計算T / S比率，該比率與平均 TL （Telomere Length，端粒長度）成正比，因此可用于確定相對 TL。
由于該技術的性質可以應用于高通量檢測，因此被廣泛用于大規模人群研究。然而，由于 Q-PCR 僅提供相對定量，因此數據通常不會以kb形式的絕對端粒長度呈現，除非與具有由另一種方法確定的平均 TL 的參考細胞系進行比較。
有研究顯示此方法的測定結果的變異系數可能高于 10% 。而且，由于使用了不同的單拷貝基因，不同實驗室之間的結果可能存在很大差異。此外，Q-PCR 不提供有關最短端粒的信息。最后，用于 TL 測量的 Q-PCR 可能不適用于癌癥研究，其中的內參單拷貝基因可能由于非整倍性而被復制或丟失。因此，Q-PCR 的適用性僅限于正常二倍體和核型穩定的樣品。
末端限制性片段分析(trf)是最早的端粒長度檢測方法，被認為是端粒長度檢測的金標準。該方法的原理是，根據端粒序列特異且重復的特性，用一對限制性內切酶(如hinfi和rsai)消化基因組dna，基因組dna被消化成短片段，而由于在端粒和亞端粒區域(亞端粒是臨近端粒的由高序列相似性的低拷貝重復dna構成的分段重復dna片段，主要由亞端粒*重復區域、近著絲粒重復區域和一種或多種間隙染色體基因座構成)缺乏內切酶的識別位點，因此端粒dna不被切割而以較長的片段保留。不同長度的dna消化產物在瓊脂糖凝膠上分離，用端粒dna特異的探針通過southernblotting進行檢測，不同長度的端粒產生彌散的信號通過軟件與已知分子量dna梯度條帶比較來評估平均端粒長度。此方法測定端粒長度時，提取的基因組dna完整性對定量端粒長度十分關鍵，dna降解會導致端粒長度評估的不準確；選用不同的限制性內切酶組合，會導致不同的結果；探針與短端粒結合效率低，從而導致對短端粒的檢測不敏感；由于端粒和亞端粒區域均沒有限制性內切酶識別位點，因此檢測端粒長度會包含亞端粒dna長度，評估結果會大于實際端粒長度；此方法只能用于評估群體細胞的平均端粒長度，無法獲得端粒長度的分布和短端粒比率。
端粒是在所有脊椎動物線性染色體末端的非編碼串聯重復性(TTAGGG)n序列。端粒的3'末端單鏈懸垂侵入雙鏈 DNA，形成 T 環，這也導致鏈位移，產生單鏈端粒D-環。T 環是端粒的特殊結構，其與端粒保護蛋白Shelterin復合體直接或間接結合，保護染色體末端不被識別為 DNA 雙鏈斷裂。
端粒是真核細胞染色體末端由重復性的dna序列和特殊的端粒結合蛋白所組成的一段特殊結構，其中脊椎動物的端粒由富含g的短雙鏈重復序列ttaggg串聯組成。端粒能夠防止染色體末端的降解、融合和重排，從而維持染色體的獨立性、完整性和穩定性。雖然端粒不具備編碼功能，卻被科學家稱為“生命的時鐘”，因為端粒的長度和穩定性控制著細胞的壽命，并與細胞的癌變和衰老密切相關。
在正常人類體細胞中，端粒的長度會隨著細胞分裂而逐漸縮短，細胞每分裂一次，端粒長度縮短一截，損失20～30個核苷酸，當端粒縮短到一定程度時，會誘導核蛋白結構的缺失，觸發復制性衰老，出現細胞增殖減慢、生長停滯、干性減退、喪失分化能力等現象。同時，縮短的端粒上某些端粒特殊結合蛋白的丟失還會導致細胞將端粒末端錯誤識別為dna斷裂位點，從而啟動dna修復功能，導致短端粒染色體之間的末端融合，染色體的融合會造成細胞有絲分裂異常，細胞周期停滯，進而引發由p53蛋白誘導的細胞凋亡。此外，p53等基因突變導致細胞周期檢測點缺陷的細胞會躍過復制性衰老，持續分裂最終進入危機期，這個時期極少數細胞表達端粒酶，激活端粒酶活性，修復并維持細胞端粒長度，使得細胞永生化為癌細胞。在諸如直腸癌、乳腺癌、肺癌、前列腺癌等90％癌細胞中發現端粒過度縮短和端粒酶活性。端粒異常導致的疾病還包括白血病、再生障礙性貧血、骨髓增生異常和先天性角化不良等。端粒在人類的衰老與疾病的發生進程中扮演著極其重要的角色，端粒重復序列的長度變化決定著細胞的命運，因此端粒長度檢測是端粒生物學研究中的重要實驗方法。此外，端粒長度檢測在衰老疾病和腫瘤中也具有重要的診斷價值。由于種屬差異，人類染色體的端粒長度(雙鏈區長度一般在0.5～20kb)遠小于大多數實驗室模型生物；且不同個體不同細胞中的端粒縮短程度不一樣，細胞內不同染色體的端粒縮短程度也不一樣；而長度小于等于3kb的端粒被定義為短端粒，最短的端粒而非平均端粒長度在端粒功能喪失，誘發dna損傷和限制細胞存活中扮演重要角色。因此，亟需一種能夠在單個染色體水平精確、簡單、快速、高通量地檢測人類端粒長度和短端粒比率的方法。
在端粒相關遺傳疾病的發展過程中，當端粒較短時會導致疾病早發 。隨著研究的不斷深入，人們也越來越認識到生活方式因素，如肥胖、吸煙、缺乏運動和慢性壓力等會影響循環外周血白細胞中的端粒長度。另外，導致端粒功能障礙的端粒縮短與許多年齡相關疾病有關，如不孕癥、關節炎、糖尿病、癌癥、心血管和神經退行性疾病等。因此，可以預測這些疾病發生的穩定且可重復的端粒長度測定方法是十分重要的。
然而，基本上所有已發表的端粒相關疾病的大規模人群研究本質上都是相關性研究，只提供了端粒平均長度或相對端粒長度的信息。有大量證據表明，觸發 DNA 損傷反應的是最短的端粒，從而導致哺乳動物的復制性衰老。最短端粒的長度是決定細胞命運和衰老開始的關鍵生物標志物，但可檢測短端粒的方法卻費時費力，不能實現高通量要求。故現有的端粒長度測定方法不分優劣，各有千秋。
端粒長度的異常改變或許在疾病早期便會發生，端粒長度在幾十年后可能會成為某些疾病的早期篩查指標，甚至輔助診斷指標或者預后評估指標。簡單易行的高通量檢測方法可以用于大規模人群的流行病學研究找到端粒相關疾病，提供不同端粒長度分布的更精確的檢測方法可以用于尋找端粒長度與相關疾病之間的可能機制；當然，既高通量又精確又可提供多方面信息的端粒檢測方法更應成為我們研究的目標。
端粒是位于真核生物線形染色體末端的DNA重復序列，它與結合在它上面的蛋白質一起構成了特殊的帽子結構，作用是保持染色體的完整性和控制細胞分裂周期。端粒長度不僅與預測人的壽命有關，還與腫瘤的發生、發展有關。
